Πολλά και σημαντικά μουσεία λειτουργούν στη Θράκη. Πολλά από αυτά είναι Αρχαιολογικά, αλλά υπάρχουν και Φυσικής Ιστορίας, Λαογραφικά, Ιδρύματα Τέχνης, Πινακοθήκες, Εκλησιαστικά, θεματικά σε πόλεις και μεγάλους οικισμούς. Ενα από τα πιο σημαντικά σε όλη την Ελλάδα είναι το Εθνολογικό μουσείο Θράκης, στην Αλεξανδρούπολη.
Μουσεία
- Εθνολογικό Θράκης – Θράκη
- Αρχαιολογικό Κομοτηνής – Θράκη
- Αρχαιολογικό Αβδήρων – Θράκη
- Αρχαιολογικό Σαμοθράκης – Θράκη
- Εκκλησιαστικό Αλεξανδρούπολης – Θράκη
- Λαογραφικό Κομοτηνής – Θράκη
- Λαογραφικό Ξάνθης – Θράκη
- Λαογραφικό Διδυμότειχου – Θράκη
- Λαογραφικό Σταυρούπολης – Θράκη
- Λαογραφικό Αβδήρων – Θράκη
- Λαογραφικό-Ιστορικό Σουφλίου – Θράκη
- Θρακικής Παιδείας Κομοτηνής – Θράκη
- Λόφος «510» – Θράκη
- Φυσικής Ιστορίας Aλεξανδρούπολης – Θράκη
- Φυσικής Ιστορίας Ξάνθης – Θράκη
- Δημοτική Πινακοθήκη Ξάνθης – Θράκη
- Ιδρυμα Θρακικής Τέχνης & Παράδοσης – Θράκη
- Φυσικής Ιστορίας-Παρανέστι – Θράκη
- Πινακοθήκη Διδυμότειχου – Θράκη
- Μουσείο Μεταξιού-Σουφλί – Θράκη
- Μουσείο Τέχνης Μεταξιού-Σουφλί – Θράκη