Πολλά και σημαντικά μουσεία λειτουργούν στη Θράκη. Πολλά από αυτά είναι Αρχαιολογικά, αλλά υπάρχουν και Φυσικής Ιστορίας, Λαογραφικά, Ιδρύματα Τέχνης, Πινακοθήκες, Εκλησιαστικά, θεματικά σε πόλεις και μεγάλους οικισμούς. Ενα από τα πιο σημαντικά σε όλη την Ελλάδα είναι το Εθνολογικό μουσείο Θράκης, στην Αλεξανδρούπολη.
Μουσεία
- Εθνολογικό Θράκης
- Αρχαιολογικό Κομοτηνής
- Αρχαιολογικό Αβδήρων
- Αρχαιολογικό Σαμοθράκης
- Εκκλησιαστικό Αλεξανδρούπολης
- Λαογραφικό Κομοτηνής
- Λαογραφικό Ξάνθης
- Λαογραφικό Διδυμότειχου
- Λαογραφικό Σταυρούπολης
- Λαογραφικό Αβδήρων
- Λαογραφικό-Ιστορικό Σουφλίου
- Θρακικής Παιδείας Κομοτηνής
- Λόφος «510»
- Φυσικής Ιστορίας Aλεξανδρούπολης
- Φυσικής Ιστορίας Ξάνθης
- Δημοτική Πινακοθήκη Ξάνθης
- Ιδρυμα Θρακικής Τέχνης & Παράδοσης
- Φυσικής Ιστορίας-Παρανέστι
- Πινακοθήκη Διδυμότειχου
- Μουσείο Μεταξιού-Σουφλί
- Μουσείο Τέχνης Μεταξιού-Σουφλί